Em 1997, após a festa do Sagrado Coração de Jesus iniciou-se a construção do salão de confissões anexo ao Santuário e do espaço para a secretaria paroquial. A conclusão desse espaço ocorreu em fevereiro de 1998. Naquele mesmo ano, no dia 5 de março, o salão foi abençoado pelo Vigário Paroquial, Pe. José Alves da Rocha.
O local recebeu o nome de “Pe. Guilherme Krupp”, em homenagem a esse grande colaborador do Santuário e “apóstolo do confessionário”, em 13 de julho de 2002. Essa justa homenagem é referente aos relevantes e inestimáveis serviços prestados ao povo de Deus, por meio do Sacramento da Penitência. Posteriormente, o salão de confissões foi reestruturado e deu origem à Capela da Misericórdia, inaugurada em 2019 como o novo espaço para as Confissões e Oração na Basílica.
A Capela da Misericórdia foi inaugurada no dia 21 de junho de 2019, recebendo as bênçãos do então pároco, o padre Marcos Macário Mendes, junto dos padres Geraldo Luzia e Valter Magno de Carvalho, do Diácono João Bartolomeu e de vários seminaristas.
Na entrada da Capela, há um painel que retrata a parábola do Filho Pródigo. No centro do painel está o Pai Misericordioso, de braços abertos, acolhendo a cada um que entrar na capela em busca do Perdão de Deus. Nele, há a inscrição de um trecho da parábola do Filho Pródigo, retirada do Evangelho de Lucas (15,11-32): “Quando ainda estava longe e o pai o viu”.
Na parte de trás do painel da entrada está inscrita uma passagem do Evangelho de Jesus Cristo segundo Lucas (15,7): Haverá mais alegria no Céu por um só pecador que se converte, do que por noventa e nove justos que não necessitam de conversão.
Os vitrais da Capela representam as cores do Arco-íris, que simboliza a aliança que Deus fez com o gênero humano. Essa aliança foi selada pelo Sangue de Jesus Cristo, que está representado pela tonalidade avermelhada, que sai da parte de trás da Cruz e percorre toda a Capela.
Na parte central está a Cruz, de onde emana a nossa Salvação. Ao lado de Jesus Crucificado estão as figuras de Maria Madalena, João e a Virgem Maria, em uma representação evangelizadora do sacrifício do Cristo pela humanidade. Também ladeiam a Cruz os anjos da Amargura e da Agonia.
